Theo Khâm định Việt sử thông giám cương mục, Lê Bá Ly người làng Cổ Phạm, huyện Đông Sơn, nay thuộc xã Thiệu Khánh, thành phố Thanh Hóa, tỉnh Thanh Hóa, Việt Nam.

Lê Bá Ly là quan võ dưới thời Lê sơ. Khi Nhà Mạc thay nhà Lê (1527), ông tiếp tục phục vụ cho nhà Mạc, được phong tước Phụng quốc công. Nhà Lê Bá Ly ở Thịnh Liệt thuộc huyện Thanh Trì, nay là phường Thịnh Liệt, quận Hoàng Mai, Hà Nội.

Năm 1546, Mạc Hiến Tông qua đời, con là Phúc Nguyên còn nhỏ lên thay, tức là Mạc Tuyên Tông. Chú Tuyên Tông là Khiêm vương Mạc Kính Điển làm phụ chính. Tướng Phạm Tử Nghi muốn lập con thứ Mạc Thái Tổ là Hoằng vương Mạc Chính Trung đã trưởng thành nhưng không được nên cùng Chính Trung khởi binh nổi loạn.

Mạc Kính Điển sai Trần Phỉ đưa Mạc Tuyên Tông sang sông về Dương Kinh, còn mình cùng Nguyễn Kính đánh Tử Nghi nhưng không thắng nổi. Sau đó Kính Điển phải huy động Lê Bá Ly tham chiến. Ông sai con trai quản lý việc trong phủ, mình cùng người con khác là Phổ quận công Lê Khắc Thận truyền hịch cho Quảng quận công Nguyễn Khải Khang cùng các tướng Phú quận công Nguyễn Hữu Mệnh là con Tây quận công Nguyễn Kính, Khổng Toàn hầu và Khang Phụ hầu mấy đạo quân thủy bộ cùng tiến đánh.

Nhờ lực lượng hùng mạnh, Mạc Kính Điển và Lê Bá Ly đánh thắng được Phạm Tử Nghi. Tử Nghi phải mang chạy ra chiếm giữ An Quảng, còn Mạc Chính Trung và Mạc Văn Minh, Mạc Phúc Sơn chạy sang Trung Quốc.

Tình hình tạm yên, Mạc Tuyên Tông được rước về Thăng Long.